在我國食品工業(yè)中，生物技術(shù)工業(yè)化產(chǎn)品占有一定的比重，有了良好的開端。但是，與世界上發(fā)達國家相比，差距還很大，目前存在的主要問題表現(xiàn)在以下幾個方面，值得重視和努力解決。
安全性備受關(guān)注目前，食用安全性已成為阻礙生物技術(shù)在食品工業(yè)中應(yīng)用的最大問題。日本于1991年4月出臺了《基因重組食品添加劑安全性評價指針》，該指針明確指出，凡是通過重組DNA技術(shù)改造微生物，其產(chǎn)生的各種酶、多肽及其他生物因子，必須經(jīng)過安全性評價才能上市。隨后，由于歐美各國已有大量經(jīng)重組DNA技術(shù)改良的農(nóng)作物出現(xiàn)在國際市場上，該指針又于1996年將種子植物轉(zhuǎn)基因后的食用安全性納入評價范圍。盡管到目前為止僅有食用轉(zhuǎn)基因玉米出現(xiàn)過蛋白質(zhì)過敏的報道，但由于基因表達的時序性以及人體本身免疫調(diào)節(jié)系統(tǒng)的存在，使人們對轉(zhuǎn)基因食品的安全性仍然不能完全放心，更何況，由于缺乏對蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的精確分析手段，根本無法鑒定基因異體表達的蛋白質(zhì)與目標蛋白質(zhì)的一致性，因此，轉(zhuǎn)基因食品的安全性問題會在較長的時期里困擾著人們。2001年6月，我國正式頒布實施《農(nóng)業(yè)作物基因工程安全管理實施辦法》，該辦法對基因技術(shù)食品研究、開發(fā)、利用的安全性管理做了嚴格的規(guī)定。目前，通過農(nóng)業(yè)部生物工程安全委員會批準，能夠商業(yè)化的轉(zhuǎn)基因作物只有6例，涉及食品的有3例，包括兩種番茄和一種甜椒。但是，由于到目前為止我國尚未出臺國外轉(zhuǎn)基因食品進口的相關(guān)安全性限制法規(guī)，市場上國外的轉(zhuǎn)基因食品會越來越多，轉(zhuǎn)基因食品與人們身體健康關(guān)系也將越來越密切。
生物技術(shù)水平不高、應(yīng)用范圍較窄目前，生物技術(shù)在食品工業(yè)中的應(yīng)用主要以發(fā)酵工程為主，而基因工程和酶工程尚未得到廣泛應(yīng)用，并且生物技術(shù)的應(yīng)用也主要集中在發(fā)酵食品工業(yè)中，而在營養(yǎng)食品、綠色食品、有機食品和保健食品等新型食品的研究與開發(fā)方面未得到充分的應(yīng)用。生物技術(shù)水平方面存在的問題主要集中在：食品發(fā)酵技術(shù)基礎(chǔ)研究薄弱、技術(shù)落后；微生物制劑工業(yè)化生產(chǎn)程度較低；基因工程產(chǎn)品研究開發(fā)力度不夠。
生物技術(shù)在食品工業(yè)中應(yīng)用展望近20年來，美國、日本等國，生物技術(shù)在經(jīng)濟發(fā)展中起到越來越大的作用。我國政府把生物技術(shù)列于微電子、信息、航天、新能源、新材料等高技術(shù)的首位，組織跟蹤和攻關(guān)，并給予高強度支持。只有培育出高產(chǎn)的糧食作物及基因工程食品，才能滿足對食物的要求，F(xiàn)代基因工程技術(shù)將為農(nóng)業(yè)帶來新的綠色生命，給人們更加豐富、更有利于健康、更富有營養(yǎng)的食品，將為人類發(fā)揮無窮無盡的力量。生物技術(shù)在食品工業(yè)上的應(yīng)用具有極廣闊的前景和美好的未來。